负责南水北调等工程项目区和西北诸河生态环境监督管理相关工作。包括:承担总量控制、入河排污口设置、排污许可、环评审查等相关工作,承担河湖岸线开发、生态流量水量、自然保护地、生态保护红线等监管工作,承担水功能区、饮用水、地下水等污染防治和规划环评、项目环评及排污许可事中事后监管等工作,参与河湖长制实施、流域生态保护与修复、生态保护补偿工作。